Восточная Сибирь, как ни одна другая область, богата разнообразными минеральными источниками. Свыше четырехсот источников описано только в Республике Бурятия и Читинской области. Не случайно Забайкалье названо «краем нарзанов». Широкой популярностью пользуются источники в месте под названием Нилова Пустынь в Тункинском районе Республики Бурятия . Минеральные источники на р.Ухэ-Угун были известны местным жителям - бурятам, кочевникам в долине Иркута, а также жи­телям соседних сел очень давно. Еще в XVIII в. буряты приезжали сюда лечиться.

Но только в 30-х годах XIX в. об источнике узнали в административных кругах Иркутска (долина Иркута входила тогда в Иркутскую губернию). Тункинский пограничный пристав Черепанов сообщил об источнике генерал-губернатору Восточной Сибири B.C. Pynepтy. В 1840 г ., по распоряжению Руперта, аптекарем Калау и инспектором Иркутской врачебной управы Сорочинским был проведен первый химический анализ вод источников. Источники были признаны лечебными. В этом же году была расчищена от леса площадка у источника и построено здание, где жила и лечилась жена генерал-губернатора Руперта, страдавшая «сведением руки». Раевским и Безносовым были построены две небольшие частные купальни . В 1845 г . к месту выхода «пользительных вод» прибыли губернатор Руперт и иркутский архиепископ Нил Столбенский . Нил Столбенский был для своего времени весьма просвещенным человеком, ему были присущи чувство новаторского любопытства и характер исследователя. По данным летописцев, на столе в его келье стояли разные приборы, в том числе лейденская лампа (для исследования электричества) и «дагерротипный снаряд», как называли самые первые фотоаппараты. Архиепископ пожелал создать скит для монахов, или так называемую пустынь. Руперт и его жена передали в распоряжение архиепископа построенные ими здания и капитал в 110 рублей. Кроме того, Нил Столбенский собрал по подписке среди иркутских купцов и чиновников 15000 рублей. Проценты с этого капитала должны были идти на поддержку хозяйства «пустыни».

В 1846 г . туранские буряты передали бесплатно для «пустыни» 789 десятин 706 сажен земли, из них 20 десятин сенокосов, что представляло очень крупный дар.

В 1851 г . Николаем I было утверждено Положение о «пустыни», названной «Заштатной мужской пустынью» во имя преподобного Нила Столбенского. Отсюда и курорт получил позже название Нилова Пустынь .

По мнению архиепископа, «пустынь» должна была, кроме религиозного обслуживания огромного района, заботиться о процветании минеральных вод и служить рассадником земледелия и огородничества среди кочевого населения.

Но в связи с переводом Столбенского в Ярославль пустынь постепенно стала приходить в упадок, и в течение дальнейших шести лет для благоустройства почти ничего не делалось. Еще в 1890г. В.А.Обручев, изучавший ниловские источники по поручению Иркутского горного управления, в своем отчете официально предлагал изъять источники из ведения духовного ведомства, если оно не примет серьезных мер по улучшению бытового обслуживания, и передать пустынь в распоряжение Иркутского горного управления. Но до самой революции «пустынь» так и оставалась в ведении Иркутского архиерейского дома и влачила самое жалкое существование.

Длительное время «пустынь» оставалась в разряде «дикого курорта». Лечение проводилось без медицинского наблюдения. Водные процедуры больше проводились в деревянных срубах, на месте выхо­да источников или рядом с ними. Отдыхающие жили в неблагоустроен­ных бараках, палатках, шалашах. Пищу готовили сами на костре или на самодельных печах, сложенных из камней.

В 30-х годах при пожаре были уничтожены все старые жилые и лечебные постройки, после чего силами районных властей началось восстановление и строительство Ниловой Пустыни уже как местной здравницы. Во время Великой Отечественной войны курорт обслуживал, в основном, бойцов, выздоравливающих после боевых ранений.

К 1953 г . "Нилова Пустынь" считалась курортом местного значения, и там имелись ванное отделение с двумя ваннами и несколько жилых домов. Больные, отправляющиеся в Нилову Пустынь, проходили медицинское обследование в районной поликлинике пос. Кырен.

В 1964 г . было начато строительство ванного корпуса. Медицин­ское обследование проводилось уже на месте. Минздравом РСФСР от 27.05.70 было утверждено штатное расписание на 37 единиц: врачей - 7, среднего медицинского персонала -11, младшего обслуживающего персонала - 19.

Постановлением Совета министров Бурятской АССР №345 от 10.09.76 была организована хозрасчетная водолечебница " Нилова Пустынь". Здесь уже имелось 15 пансионатов различных ведомств Иркутской области и Бурятии, а также четыре корпуса Тункинского райисполкома. Период с 1976 по 1990 гг. можно отнести к «золотому веку» Ниловой Пустыни. Достаточно высокая укомплектованность медицинским оборудованием, организация лечебного процесса и бытового обслуживания, а также невысокая стоимость путевок обеспечили значительный приток отдыхающих. В эти годы в Ниловой пустыни функционировали поселковая столовая, клуб, библиотека. За год число отдыхающих достигало 10-15 тыс. человек.

В года перестройки, когда вся страна переживала глубокий социальный и экономический кризис, руководство лечебницы с большим трудом смогло сохранить ее статус. Но, тем не менее, из одиннадцати ведомственных пансионатов осталось только пять. Тункинская администрация вынуждена была прекратить деятельность всех своих жилых корпусов.

В конце 90-х годов началась реконструкция ведомственных пансионатов. Жилые корпуса стали более комфортабельными, появились номера «люкс».